市场运行监管体系是商品流通市场监管体系的主要组成部分，其职能是监管商品供给和商品需求在数量、结构、质量、价格、时间等方面的状况，商品流通相关影响因素的变动，商品流通过程中出现的任何异常现象，商品流通预警系统运行的状况等。重点监管商品流通过程的物流环节、大型连锁超市、商品批发市场等关键节点，以及药品流通市场、粮食流通市场、能源流通市场等对经济安全与社会稳定影响很大的商品流通市场。