证券回购协议的主要功能有三个：①中国人民银行以此为工具进行公开市场操作，方便中央银行投放(收回)基础货币，形成合理的短期利率；②为商业银行的流动性和资产结构的管理提供了必要的工具；③各类非银行金融机构可以通过证券回购协议实现套期保值、头寸管理、资产管理、增值等目的。