（1）A公司破产案件应由乙市中级人民法院管辖。根据规定，破产案件由债务人住所地人民法院管辖。债务人住所地指债务人的主要办事机构所在地。债务人主要办事机构所在地不明确、存在争议的，由其注册登记地人民法院管辖。本题中，A公司主要办事机构所在地为乙市，故A公司破产案件应由乙市人民法院管辖。另外，破产案件的级别管辖依破产企业的工商登记情况确定。 　　基层人民法院一般管辖县、县级市或者区的工商行政管理机关核准登记企业的破产案件；中级人民法院一般管辖地区、地级市（含本级）以上的工商行政管理机关核准登记企业的破产案件；纳入国家计划调整的国有企业破产案件即政策性破产，由中级人民法院管辖。本案中，A公司为在“市级”工商行政管理机关核准登记的企业，故其破产案件应由中级人民法院管辖。综上，A公司的破产案件应由乙市中级人民法院管辖。（2分） 　　（2）根据规定，对破产人的特定财产享有担保权的权利人，对该特定财产享有优先受偿的权利。可知，建设银行的1000万元贷款，其中800万元从抵押的财产中优先受偿，其余的200万元作为普通债权，同其他普通债权人一起按比例受偿。（2分） 　　（3）工商银行可以参加破产程序，申报债权。根据规定，连带债务人数人被裁定适用破产程序的，其债权人有权就全部债权分别在各破产案件中申报债权。本题中，A公司为连带债务人，债权人工商银行可以选择将其全部债权作为破产债权进行申报。（2分） 　　（4）债权人会议通过了和解协议。根据规定，债权人会议通过和解协议的决议，由出席会议的有表决权的债权人过半数同意，并且其所代表的债权额占无财产担保债权总额的2/3以上。本题中，和解协议在债权人会议讨论时，出席会议的有表决权的债权人有2/3表示同意，并且表示同意的债权人所代表的债权额占无财产担保债权总额的2/3以上。故和解协议可以通过。（2分） 　　（5）人民法院可以裁定宣告A公司破产。根据规定，和解协议草案经债权人会议表决未获得通过，或者已经债权人会议通过的和解协议未获得人民法院认可的，人民法院应当裁定终止和解程序，并宣告债务人破产。（2分）